En el año 20XX el Dr. Light creo un ultimo robot llamado Mega Man X un robot con la capacidad de razonar, pensar y tomar sus propias decisiones. Sin embargo se creia que  podría tener algunas fallas en su sistema fisico y también porque podría romper la primera regla de la robotica: Un robot nunca debe dañar a un ser humano. Por eso decidió guardarlo en una cápsula para poder revisarlo, las pruebas llevarían mucho tiempo y el Dr. Light no iba a vivir para ese tiempo.

Muchos años después el Dr. Cain al investigar huellas de eventos pasados se encuentra con el Laboratorio de Light, entre los restos encuentra a X, Cain queda tan impresionado que investiga como estaba construido yse basa en el para crear a los Reploids.

Después de varios años algunos Reploids empezaron a revelarse contra los humanos y a causar estragos y dolor en las personas, estos Reploids que se volvieron locos fueron nombrados maverick. Luego de este suceso apareció un grupo llamado maverick hunters cuya misión es detener a los maverick, el lÃider de los Maverick Hunters era un poderoso reploid de batalla llamado Sigma.

Tiempo después fue descubierto Zero, un robot similar a X que tenía un problema, era una maquina de destrucción. Zero se convierte en la amenaza publica No. 1, y Sigma se encarga de la situación enfrentado a Zero. Sigma finalmente derrota y captura a Zero, a quien se le integro un chip de control creado por el Dr. Cain para controlar su ira, luego de eso no volvio a tener incovenientes, convirtiéndose incluso en uno de los mejores Maverick Hunters y en el mejor amigo de X.

Tiempo después Sigma se transforma en un Maverick debido a que Zero tenia integrado a su sistema un virus que lo habí­a contagiado y desea exterminar a los humanos para crear una utopia donde solo los reploids existan y para eso manda un ejército de Mavericks conformado por varios reploids vueltos mavericks y varios de sus viejos maverick hunters que creen en el son mandados a destruir las ciudades y a eliminar a los humanos y Reploids que no se sometan. Entre este ejercito se encuentra Vile, un robot de color morado, con armas poderosas y una ride armor que el mismo adapto, Vile es considerado uno de los más poderosos rivales de X y Zero, vile también era el brazo derecho de Sigma.

X quien se sentía culpable por la condición de los reploids y por que todavÃía no conoce su lugar en este mundo, decidió hacerse reponsable de lo que sucedía, porque era una falla causada por su existencia. Consecuentemente, se dirige a la Central Highway a enfrentar a los Reploids, principalmente a Vile y a Sigma. Zero junto con Mega Man X se preparan para el enfrentamiento.

Así­ es como empieza esta historia que da giros muy inesperados en esta clásica saga de capcom, esperen la continuación.