Después de los eventos sucedidos Mega Man X se dirije hacia Central Highway a combatir a los Mavericks que están invadiendo la ciudad.

Después de destruirlos X se encuentra con Vile, un Maverick poderoso, X trata de destruirlo pero no puede porque Vile esta protegido por una Armor Carrier. Luego X queda dañado y en eso llega Zero a salvarlo, Zero destruye el brazo de la Armor Carrier de Vile quien logra escaparse en su nave. Después de eso Zero y X tienen una plática en la que X creía que tenía suficiente energía para poder derrotarlo pero Zero le dice  que no está al máximo de sus capacidades cuando llegue al máximo podrá llegar a ser como el.

Mega Man X deberá luchar contra los peligrosos Mavericks que siguen creyendo que Sigma es su líder y que hace lo que el cree mejor para el mundo, uno tras otro fueron cayendo a manos de X y el fue adquiriendo sus habilidades y volviéndose más poderoso. Más tarde se reencuentra con Zero en la base de Sigma, ambos luchan contra Vile. Zero acaba sacrificando su vida para salvar a X, mismo que termina venciendo al poderoso Maverick.

Tras pasar por grandes dificultades X se enfrenta contra el mismí­simo Sigma en la batalla final aquí X descubre que sigma llego a extremos inimaginables para poder ganar el control del planeta al ver que el mismo creo una armadura gigantesca y muy poderosa que X destruye con mucha dificultad.

Continuará > > > > >