Doppler town es un lugar de paz donde los Reploids no se vuelven contra los humanos gracias a un antivirus que fue creado por el reploid-cientí­fico Dr. Doppler,esta supuesta paz termina cuando todos los reploids se convierten en mavericks y el que los lidera es el mismisimo Dr. Doppler quien los controla gracias a su “cura”.

X y Zero van a investigar a la ciudad que es lo que pasa y pronto descubren que el caos esta desatado y requieren derrotar al ejercito del Dr. Doppler, entonces reciben una transmisión desde el cuartel general de los maverick hunters, el cual esta siendo atacado y requiere del reforzamiento de todos los hunters.

Al llegar, Zero y X se separan para acabar con la amenaza; en el camino X se encuentra con Mac, un antiguo maverick hunter que termina atrapandolo en un campo de fuerza y le anuncia que ahora es un miembro de la fuerza Doppler y que el sera una gran adición al grupo en ese momento llega Zero y persigue a Mac, donde luego de una batalla logra destruirlo y rescata a X, luego este sale y vence a un Maverick en una azotea.

Luego habla con el Dr Cain y este le dice que tienen que detener a Doppler y a los 8 poderosos Mavericks que creo para ayudarlo en su plan para conquistar al mundo.

X y Zero derrotan a varios Mavericks antes de encontrarse a los guadaespaldas del Dr. Doppler Bit,Byte y una nueva version de vile tipo mk-2 a los cuales derrotan de manera eficas mas no los destruyen ya que ellos huyen del campo de batalla pronto encontrarán la base de su enemigo, pronto Zero avanza por el complejo mientras X se pone a buscar una señal que su armadura capta esta cápsula es una que el Dr. Light le dejo para que pudiera instalar en su armadura un chip que contiene los codigos necesarios para mostrar todo el poder de su armadura “la armadura dorada” con esto el seria capaz de deslizarse 2 veces en el aire y recuperar su energía completamente.

Pronto X retomo camino y encuentra que Zero yacía casi sin energía y muy dañado en una habitación donde se había librado una gran batalla Zero le pidió a X que terminara la misión sin el y le concedió su “sable Z”, X lo tomo y con el venció al Dr. Doppler quien le dijo que Sigma seguía vivo y que le obligo a hacer todo eso al infectarlo con el virus “Sigma” y le creo una armadura de batalla lo bastante poderosa como para conquistar al mundo, mas esta no estaba completada por lo que le pidió a X que la destruyera para liberar al mundo de esa gran amenaza. X consiguió encontrar a Sigma y tras una memorable batalla logro destruir el nuevo cuerpo de sigma y su nueva armadura la “Kaiser Armor” pero Sigma no era fácilmente derrotado, trato de inundar el palacio con lava para poder eliminar a Xo capturar su cuerpo para poder ser el reploid mas poderozo del mundo mas Doppler llego al rescate y usando una nueva version del anitivirus lo contuvo mientras se activaba el mecanismo de autodestrucción del castillo, X salio y tras mirar en los escombros el encontró un paquete de datos que lo aterrorizaron y quedo pensando que tal vez algún día X y Zero tendrían que entrar en una batalla que acabaría con alguno de los 2.