Nuevos mavericks han surgido amenazando la situación mundial. El país reploid ha conformado una nueva armada “Repliforce” que reivindicará sus derechos ante los humanos. Pero este surgimiento genera la caída de ciudades y una guerra cruel parece a punto de comenzar.

X es testigo de la caída de la ciudad “Sky Lagoon” a raíz de los ataques de “Repliforce” con la cual todos quedan calificados de mavericks y empieza la lucha. X y Zero se encontrarán con “Magma Dragoon” quien es un Maverick Hunter (después se enterarán que se ha convertido en Maverick)

En el principio X se encontrará en el “Maverick Hunter HQ” (Cuartel General de Cazadores de Mavericks) acompañado de quien será su informante y compañero “fiel” “Double”.

Avanzará destruyendo poco a poco a “Repliforce” y conocerá a 8 mavericks que se te opondrán. X parece no conocer a ninguno de los agentes y se entera de todo el problema al enfrentar y derrotar a “Colonel”, coronel de “Repliforce”. este le informa que ya es demasiado tarde, que la “Final Weapon” (Arma Final) ya está en órbita dispuesta a erradicar ciudades enteras. X viaja al espacio y descubre que “Double” era un agente doble y que estuvo observándolo bajo las órdenes de su superior (quien es Sigma pero no lo revela) y que ha llegado la hora de su enfrentamiento final, Double se transforma en un gerrero sumamente poderoso y que contrasta con su anterior apariencia, ademas de que posee un arma que puede derrotar a X de un golpe aun así  X vence para enfrentarse al supuesto causante de la destrucción, al General de “Repliforce”, a quien vence en una batalla contra un coloso y que le dice que todo está perdido, la “Final Weapon” ya está en marcha y no hay como detenerla.

X corre hacia el cuarto final en un intento desesperado por detener la “Final Weapon” y finalmente encuentra a Sigma que le estaba esperando ansioso desde hace mucho y con quien librará la madre de todas las batallas. Vencido Sigma, el General aparece para hacer un sacrificio antes de morir. utiliza su colosal cuerpo y detiene en parte a la “Final Weapon”. X escapa por poco y regresa al “Maverick Hunter HQ”, preguntandose si podrá mantener la cordura con todo lo que está sucediendo.

Zero al principio, verá una pesadilla en la que el famoso Dr. Willy (de la saga de megaman anterior a la X) aparece. En “Sky Lagoon” terminará rescatando a “Iris” quien lo acompañará en esta guerra.

Además se encontrará con Magma Dragoon (uno de los 8 mavericks) quien parece ser amigo cercano de Zero (y antiguo maverick hunter). conforme Zero vaya avanzando se enterará que “Colonel” es el hermano de “Iris” y ella los detiene en un duelo. Finalmente llega la hora de pelear contra “Colonel”, otro usador de sable e “Iris” no está ahí para detenerlos.

Alguno de los dos debe caer. “Colonel” es vencido y Zero se ve cada vez más abrumado por la pérdida de sus amigos pero está decidido. Parte hacia “Final Weapon” sólo para enterarse de que deberá pelear con alguein más… “Iris”!, quien se ha vuelto loca a raíz de la muerte de su hermano. Zero derrota a “Iris”, quien termina muriendo en sus brazos.Furioso y destrozado, decide continuar. Enfrenta al que cree es causante de todo esto, el General, sin embargo al ser derrotado dice que esto no fue su plan y que debe apurarse porque “Final Weapon” pronto actuará. Finalmente Zero llega con Sigma y descubre que todo es su culpa. A Sigma viene la memoria de que alguna vez pelearon cuando Zero era un maverick, y de hecho aparece una gran W en la frente de Zero, Sigma lo vence, pero está tan lastimado que realmente no lo puede contar como victoria. Zero está furioso y decide que esto debe terminar ahora. Derrota a Sigma y nuevamente el General usa su cuerpo colosal como escudo para la tierra. Zero también escapa y medita acerca de todo lo que perdió en esta guerra.