En el año 21XX Sigma contrato a Dynamo, un robot poderoso con la misión de acabar a Mega Man X y a Zero, y su misión es volver a Zero como estaba antes y atacar a la raza humana a través de un virus creado por Sigma que ataca la colonia Eurasia.

X y Zero van a una carretera a detener a los ataques de los Mavericks y a destruir a Sigma que esta escondido en la estatua de la libertad, después de que Sigma es derrotado, este esparció un virus por todo el mundo el cual tiene en mente acabar con los humanos, Sigma ha destruido la Colonia Eurasia y va a caer a la tierra para crear una colisión. X y Zero tienen 16 horas para evitarlo.Para esto buscan las partes del Cañon Enigma y las partes de un transbordador las cuales han sido Protegidas desde la antiguedad por fuertes guerreros Reploid aunque algunos son dominados por el “virus Sigma” y se convierten en Mavericks (otros se niegan a entregar algo que se les encomendó proteger con su vida) entonces se ven obligados a destruirlos para conseguirlas.

El Cañón Enigma no pudo destuir la colonia Eurasia, lo único que hizo fue cambiarla de orbita por lo cual tendrán que hacer como en la película de Armagedon, mandar en misión suicida a Zero en un transbordador para destruirla pero antes de eso, Zero empieza a sentirse extraño por creer que tiene un virus que puede infectarlo, Signas el hermano de Colonel y Lifesaver se dan cuenta un poco pero la información es mantenida en secreto, Zero es enviado a destruir la colonia aunque esto no sucede del todo ya que los restos de la colonia se precipitan hacia la tierra erradicando las formas de vida. Zero Luego tendrá que entrar a los restos de Eurasia para encontrar a Sigma y destruir la fuente del virus. Pero antes de pelear con Sigma tendrá que pelear con algunos malvados que tratan de protegerlo como Dark Devil. X entra a los restos de Eurasia para rescatar a Zero.

Después de la batalla entre Zero y X los 2 quedan tirados en el suelo pero Sigma muestra la cara para comenzar la batalla. Zero es casi destruido defendiendo a X y luego Sigma da a la luz la verdad sobre Zero, Zero la acepta aunque no tiene muchos recuerdos de estos, sobre que el virus le da más poder mientras que a los otros les hace daño y que todo es su culpa. Sigma se aprovecha de la situación y dispara intentando matar a ambos, X queda inconsiente pero Zero dispara un ultimo rayo que destruye a Sigma. Zero intenta hablar a X pero no obtiene respuesta.

En esta saga existen 2 finales.

En el primer final X está muy dañado, el Dr. Light aparecerá y lo reparará…pero Zero está destruido, por lo que X se quedará con el Z-Saber y combatirá solo con los Mavericks que vendrán. el Dr. Light también te borrará todas las memorias acerca de Zero.

En el segundo final Zero, recordará su pasado, mientras su cuerpo agoniza y muere lentamente…sus recuerdos retroceden hasta el punto donde logra ver al Dr. Wily cuando recién lo estaba construyendo.