Tras 3 semanas de lo ocurrido con la colonia Eurasia el científico Gate que fue a explorar la zona de la collision de Eurasia, encontró ahí un objeto raro, un chip, que contenía el ADN de Zero, al darse cuenta de las grandes posibilidades lo lleva a su laboratorio para examinarlo,sin embargo y sin darse cuenta de ello Gate es infectado con el virus llamado virus zero.

Aquí Isoc entra en el laboratorio (Isoc es el ayudante de Gate) y le da la idea a Gate de construir un robot más poderoso que cualquier otro, así nace High-max en base del ADN de zero.

Gate piensa crear un paí­s para los reploids en el cual no existiesen los humanos.

Ahora X debe terminar los planes de Gate sobrellevando mortales misiones, las cuales son: derrotar a Highmax, detener a Gate y a Issac, encontrar y derrotar a los 8 Mavericks de los alrededores y saber que le paso a su mejor amigo Zero. en el transcurso de la historia cuando estas en alguna mision te encuentras a zero nightmare(que era una copia)despues de que lo vences encuentra al original zero.

En el trascurso de la historia Alia le cuenta a X que ella y Gate eran compañeros de laboratorio hace muchos años, en esos tiempos Alia era más inteligente que Gate y este la asistiá.

Al vencer a Gate, este revela que ha traído de vuelta a Sigma y que no quería tener que usarlo; Gate despierta a Sigma quien le dice que lo necesitaba y absorbe lo que queda de Gate, luego se esconde en su fortaleza para intentar repararse de su deplorable estado medio construido, pero X y Zero lo persiguen hasta que lo encuentran y lo derrotan.

En el primer final X saldrá una escena en la que estará con Zero viendo lo que le paso a Gate y en ello Alia y el grupo aparecen para rescatarlos.

En el segundo final Zero regresará al laboratorio donde un sujeto extraño le dira que tiene que descansar por 100 años de nuevo para poder recuperarse del virus (esto es un preludio para Megaman Zero).

En el tercer final saldrá X y Alia viendo morir a Gate. Al rato se oye una voz….(es Zero parado en un rincon) pero X no le ve mas si le oye.